
引物合成
- 可監(jiān)控每條引物的合成質(zhì)量
- 多重質(zhì)量檢測(cè)手段
- 全面保證發(fā)貨的質(zhì)量
服務(wù)特色
金開(kāi)瑞引物合成平臺(tái)引進(jìn)世界上目前主流的合成儀制造商BLP公司生產(chǎn)的nm級(jí)別的Dr.oligo192高通量DNA合成儀,每天的通量可達(dá)2000條/臺(tái)。
服務(wù)介紹
引物合成是一種生物技術(shù),用于合成DNA或RNA的短鏈分子,通常用于PCR(聚合酶鏈反應(yīng))和其他分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中。引物是一段短鏈分子,通常包含20-30個(gè)堿基,能夠與特定的DNA或RNA序列互補(bǔ)配對(duì),從而引導(dǎo)聚合酶在該序列上擴(kuò)增DNA。引物合成通常使用自動(dòng)化合成方法,在化學(xué)合成儀上一步步添加堿基來(lái)構(gòu)建所需的序列。引物合成技術(shù)的發(fā)展使得DNA和RNA序列的快速和準(zhǔn)確合成成為可能,為生物技術(shù)和生物醫(yī)學(xué)研究提供了重要的支持。
常見(jiàn)問(wèn)題
由于核酸在260 nm附近有強(qiáng)吸收,而蛋白質(zhì)在280 nm附近有強(qiáng)吸收,從生物體內(nèi)提取核酸時(shí),常用OD260/OD280比值來(lái)評(píng)價(jià)核酸純度 (比值在1.8~2.0之間),這一判斷是基于序列中A、G、C、T所占比例大致相同時(shí)的結(jié)果。而合成的DNA/RNA則不同,序列很短 (通常在20~30個(gè)堿基之間),其中A、G、C、T各種堿基所占比例很不相同,由于各種堿基的摩爾消光系數(shù)不同,因此不同堿基構(gòu)成的合成DNA/RNA制品的OD260/OD280比值也不同,例如當(dāng)序列中C、T堿基的含量高時(shí),該比值會(huì)大大低于1.8。此外,序列中堿基的排列順序也影響該比值。所以不能根據(jù)OD260/OD280比值來(lái)評(píng)價(jià)合成DNA/RNA制品的純度。
Oligo DNA的電泳一定要使用變性PAGE電泳。Oligo DNA是單鏈DNA,容易形成復(fù)雜的立體結(jié)構(gòu),因此進(jìn)行Agarose電泳時(shí),容易出現(xiàn)多條泳帶 (更無(wú)法用Agarose電泳進(jìn)行定量了)。
A、G、C、T的組份不同,電泳速度不同; DNA的立體結(jié)構(gòu)不同,電泳速度不同。 這種情況在Oligo DNA越短時(shí)越容易發(fā)生,長(zhǎng)鏈Oligo DNA之間差別越小。
沒(méi)有,5' 和3' 末端均為-OH基。如需要加磷酸基團(tuán),訂貨時(shí)請(qǐng)?zhí)貏e注明,此時(shí)需收取磷酸化 (PO4修飾) 的費(fèi)用。
不能。 因?yàn)镋tBr是通過(guò)嵌入到核酸的雙螺旋間而使其著色的。合成的DNA/RNA分子為單鏈,只有通過(guò)自身回折形成局部發(fā)夾環(huán)結(jié)構(gòu)或鏈間形成部分雙螺旋結(jié)構(gòu),才能被EtBr染色。由于不同制品的序列不同,形成雙螺旋的能力不同,因此染色能力不盡相同,也就不能根據(jù)EtBr染色帶的亮度來(lái)對(duì)合成的DNA/RNA進(jìn)行定量。
連接反應(yīng)的引物如果沒(méi)有5’磷酸基團(tuán),連接效率相對(duì)較低,但不是完全不能成功。 如果磷酸化的產(chǎn)物還不能連接載體上,需要檢查載體的酶切效果以及核對(duì)引物的設(shè)計(jì)方案,如果都沒(méi)有問(wèn)題就要考慮改善引物退火的條件以及連接反應(yīng)體系。
合成DNA的長(zhǎng)度為6~130個(gè)堿基;合成RNA的長(zhǎng)度為8~35個(gè)堿基。當(dāng)合成的DNA序列較長(zhǎng)時(shí),由于合成及純化方法的限制,很難保證制品中每個(gè)序列都正確無(wú)誤。此外需要說(shuō)明的是:如果待合成序列比較特殊 (例如多個(gè)“G”連續(xù)出現(xiàn)等),合成收率相對(duì)較低,我們可能會(huì)根據(jù)具體情況加收費(fèi)用;有時(shí)我們也可能無(wú)法合成訂購(gòu)的序列,此時(shí)本公司保留不接受定單的權(quán)利。
干燥制品很穩(wěn)定,-20℃下保存2年沒(méi)問(wèn)題。 溶解后的DNA也請(qǐng)保存于-20℃,最好是分份保存,避免反復(fù)凍融。 溶液中的Oligo DNA在常溫下放置3~4天應(yīng)該沒(méi)問(wèn)題,但最好不要放置一個(gè)星期以上。其壽命與容器、溶劑的滅菌程度有關(guān)。
如果您溶解引物的水PH過(guò)低或污染了菌或核酸酶,會(huì)使引物降解。使用時(shí)沒(méi)有充分解凍混合,液體不均勻也可能會(huì)造成引物加入量不準(zhǔn)確。建議分裝引物,避免反復(fù)凍溶。建議使用10mM Tris pH7.5緩沖液溶解引物,因?yàn)橛行┱麴s水的pH值比較低(pH4-5), 引物在這種條件下不穩(wěn)定。還有一種可能性是引物沒(méi)有問(wèn)題,而是PCR使用材料特別是模板的質(zhì)量與先前使用的不完全一致。
合成的引物和您的定單序列一致,而不是能否擴(kuò)增出您所需要的產(chǎn)物。
合成Oligo DNA時(shí),盡量選用高純度級(jí)制品。 避免使用過(guò)長(zhǎng)的Oligo DNA,最好選用小于35 mer的合成DNA制品。 進(jìn)行克隆實(shí)驗(yàn)時(shí),每次克隆都須進(jìn)行測(cè)序驗(yàn)證,以保證序列的正確性,然后再進(jìn)行進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)。進(jìn)行蛋白表達(dá)實(shí)驗(yàn)時(shí),尤其需要注意。
所有的制品純化后都要進(jìn)行脫鹽,脫鹽是使用C18柱進(jìn)行的,偶而會(huì)有微量的樹脂溢出而進(jìn)入制品。樹脂不影響任何反應(yīng)結(jié)果,請(qǐng)稍許離心后取上清使用。
由于一般的PCR用引物的5′ 末端都沒(méi)有磷酸基團(tuán),因此,擴(kuò)增后的PCR產(chǎn)物的5′ 末端也沒(méi)有磷酸基團(tuán)。當(dāng)克隆于去磷酸化的末端平滑載體時(shí),無(wú)法克隆進(jìn)去;而當(dāng)克隆于非去磷酸化的末端平滑載體時(shí),背景會(huì)極高。此時(shí)請(qǐng)對(duì)PCR產(chǎn)物的5′ 端進(jìn)行磷酸 (PO4修飾) 化處理。
PCR反應(yīng)失敗的原因很多,可以從以下幾個(gè)方面考慮。 1. 引物和模板是否配對(duì),同源性有多大? 2. 引物本身是否有立體結(jié)構(gòu),或者二條引物之間是否形成高次結(jié)構(gòu)? 3. PCR反應(yīng)用試劑是否能正常工作? 4. PCR儀是否工作正常? 5. PCR反應(yīng)條件是否合適? 如果一切正常,還無(wú)法解決問(wèn)題時(shí),我們可以免費(fèi)重新合成引物。如果重新合成的引物也無(wú)法解決問(wèn)題時(shí),請(qǐng)把引物和模板寄送給我們公司,我們可以幫助摸索PCR反應(yīng)條件。
基本不是。當(dāng)今發(fā)展出各色各樣的PCR擴(kuò)增技術(shù),各色各樣的高溫聚合酶,就是來(lái)解決PCR擴(kuò)增中遇到的擴(kuò)不出,擴(kuò)增效率低的問(wèn)題。如槽式PCR就是擴(kuò)增那些拷貝數(shù)很低的基因片段。 有些重復(fù)片段的擴(kuò)增, GC含量高的片段,非要采用特殊擴(kuò)增手段才能擴(kuò)增出了。 引物擴(kuò)增不出,主要是下列兩種情況比較常見(jiàn): RT-PCR。請(qǐng)注意,很多基因通過(guò)常規(guī)RT–PCR方法是很難不增出來(lái)的。 RT- PCR成功的關(guān)鍵在于RT的反應(yīng)的RNA質(zhì)量和目標(biāo)基因在特定組織和細(xì)胞中含量。 從基因組中擴(kuò)增。一般情況下,基因在基因組中都是單拷貝,基因組作為模板需要嚴(yán)格控制用量。基因組DNA過(guò)高,會(huì)影響反應(yīng)體系中的Mg和pH。
由于核酸在260 nm附近有強(qiáng)吸收,因此常根據(jù)此性質(zhì),用紫外分光光度計(jì)測(cè)定核酸溶液在260 nm的吸光度值,據(jù)此對(duì)核酸進(jìn)行定量,用OD值來(lái)表示。1 OD是指:置于光路長(zhǎng)度為1 cm的比色皿中的DNA/RNA溶液,如果其在260 nm處的吸光度值為1,則稱1 ml該溶液中溶解的DNA/RNA的量為1 OD。1個(gè)OD值的合成DNA/RNA的質(zhì)量約為33 μg。將DNA/RNA溶液進(jìn)行適當(dāng)稀釋,使吸光度測(cè)定值與樣品濃度的關(guān)系在直線范圍內(nèi),再根據(jù)原溶液的總體積與稀釋倍數(shù)計(jì)算該溶液的總OD值。 例如,一個(gè)200 μl的DNA/RNA溶液,如果對(duì)其進(jìn)行6倍稀釋,測(cè)定值為1.0時(shí),則該溶液的總OD值為:0.2 ml×6×1.0 OD/ml=1.2 OD 。
合成DNA的長(zhǎng)度為6~130個(gè)堿基;合成RNA的長(zhǎng)度為8~35個(gè)堿基。當(dāng)合成的DNA序列較長(zhǎng)時(shí),由于合成及純化方法的限制,很難保證制品中每個(gè)序列都正確無(wú)誤。此外需要說(shuō)明的是:如果待合成序列比較特殊 (例如多個(gè)“G”連續(xù)出現(xiàn)等),合成收率相對(duì)較低,我們可能會(huì)根據(jù)具體情況加收費(fèi)用;有時(shí)我們也可能無(wú)法合成訂購(gòu)的序列,此時(shí)本公司保留不接受定單的權(quán)利。
沒(méi)有,5' 和3' 末端均為-OH基。如需要加磷酸基團(tuán),訂貨時(shí)請(qǐng)?zhí)貏e注明,此時(shí)需收取磷酸化 (PO4修飾) 的費(fèi)用。
干燥制品很穩(wěn)定,-20℃下保存2年沒(méi)問(wèn)題。 溶解后的DNA也請(qǐng)保存于-20℃,最好是分份保存,避免反復(fù)凍融。 溶液中的Oligo DNA在常溫下放置3~4天應(yīng)該沒(méi)問(wèn)題,但最好不要放置一個(gè)星期以上。其壽命與容器、溶劑的滅菌程度有關(guān)。
干燥制品很穩(wěn)定,-20℃下保存2年沒(méi)問(wèn)題。 溶解后的DNA也請(qǐng)保存于-20℃,最好是分份保存,避免反復(fù)凍融。 溶液中的Oligo DNA在常溫下放置3~4天應(yīng)該沒(méi)問(wèn)題,但最好不要放置一個(gè)星期以上。其壽命與容器、溶劑的滅菌程度有關(guān)。






