CoIP實驗需要保證足夠的蛋白濃度才能維持原本存在的蛋白互作狀態(tài)，尤其當?shù)鞍棕S度較低、相互作用力不強、使用不易提蛋白組織等情況時。而且CoIP的實驗條件往往需要反復(fù)摸索。因此用于CoIP實驗需準備細胞＞2x10^7，動物組織＞500mg，植物組織＞2g，并且須更加注意采集后速凍-80℃保存和避免反復(fù)凍融。

a.所使用的抗體不僅需要優(yōu)秀的親和力、特異性，其識別表位還可能被互作蛋白所掩蔽（主要是使用單抗時）；

b.當?shù)鞍谆プ黜毎l(fā)生在特定生理代謝條件、組織細胞類型之中時，CoIP實驗可能無法獲得互作結(jié)果；

c.如果誘餌蛋白和或捕獲蛋白在樣本中豐度很低時； d.兩個互作蛋白的親和力較弱；

e.當該蛋白互作需要較特定的離子強度，或者需要如Ca²⁺離子/Mg2+離子/ATP等輔因子時，要創(chuàng)造合適的反應(yīng)條件會變得困難；

f.一些樣品處理提取存在難度，提取足量目的蛋白與保持蛋白天然狀態(tài)，需通過實驗條件達到優(yōu)化平衡；

g.外源表達的標簽蛋白存在同內(nèi)源蛋白的位點競爭，這主要在使用標簽抗體進行實驗時可能存在。

在CoIP-WB鑒定結(jié)果中，IgG組無目的蛋白條帶、IP組有目的蛋白條帶，說明IP過程成功；銀染膠圖中，IP組相對于IgG組有更多蛋白條帶、且存在差異，說明CoIP過程捕獲到互作蛋白；IP產(chǎn)物在質(zhì)譜檢測中鑒定到的蛋白數(shù)量不能作為判斷實驗成敗的標準，因為這取決于目的蛋白本身所具有的互作蛋白數(shù)量、結(jié)合力強弱等方面；IP產(chǎn)物的質(zhì)譜鑒定數(shù)量越多并不代表結(jié)果越好。