多年的研究經驗 針對不同類型的非編碼RNA提供全方位的研究服務
先進的技術平臺 為非編碼RNA的研究提供全面的技術支持
嚴格的質量控制 研究過程中采取了嚴格的質量控制措施
個性化的研究方案 根據客戶的需求和研究對象的特點，提供個性化的非編碼RNA研究方案
服務簡介
Service Introduction非編碼RNA（Non-coding RNA）是指不編碼蛋白質的RNA。 其中包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA 和microRNA等多種已知功能的RNA，還包括未知功能的RNA。這些RNA的共同特點是都能從基因組上轉錄而來，但是不翻譯成蛋白，在RNA 水平上就能行使各自的生物學功能。非編碼RNA從長度上來劃分可以分為3類：小于50 nt， 包括microRNA、siRNA、 piRNA； 50 nt到500 nt， 包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、SLRNA、SRPRNA 等等； 大于500 nt，包括長的 mRNA-like的非編碼RNA，長的不帶polyA 尾巴的非編碼RNA等等。
長鏈非編碼RNA（long noncoding RNA，lncRNA）是一類長度＞200bp的RNA，由RNA聚合酶Ⅱ轉錄，lncRNA具有保守的二級結構,大部分不編碼蛋白質，也有報道，其可以編碼多肽，多肽大部分無功能。LncRNA來源很廣，可以來源于基因編碼區、非編碼區、外顯子、內含子、正義鏈或反義鏈。LncRNA發揮功能的方式很廣，可以與蛋白、DNA和RNA相互作用，參與多種生物學過程的調控。主要包括基因組表觀遺傳修飾、調控轉錄后翻譯、發揮ceRNA、增強子RNA作用等，從而對細胞的增殖、分化、遷移、凋亡、免疫等發揮調控作用。隨著高通量測序技術的發展，越來越多的lncRNA被注釋，但是絕大多數的lncRNA的功能仍然不清楚，因此lncRNA的研究是一片非常廣闊的未知領域，具有極大的科研價值和意義。
金開瑞提供的非編碼RNA服務包括
研究方案
以下以lncRNA為例，對非編碼RNA研究進行介紹
圖1. LncRNA 差異表達聚類結果及差異表達火山圖
采用RT-PCR或者qRT-PCR檢測lncRNA/miRNA在不同組織和細胞中的表達水平。
圖2. PVT1和 miRNA在宮頸癌組織中的表達
(Iden, M.et al.The lncRNA PVT1 Contributes to the Cervical Cancer Phenotype and Associates with Poor Patient Prognosis.PloS one.2016.May 27;11(5))
采用對肝癌細胞（如hepG2、hep3b、huh7）STR位點和Amelogenin位點的基因分型技術，進行細胞鑒定。
| Marker | 細胞庫信息 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Allele1 | Allele2 | Allele3 | Allele1 | Allele2 | Allele3 | |
| D5s818 | 13 | 13 | 13 | 13 | ||
| D13s317 | 10 | 11 | 12 | 14 | ||
| D7s820 | 10 | 11 | 12 | 14 | ||
| D16s539 | 10 | 10 | 10 | 10 | ||
| VWA | 16 | 18 | 17 | 17 | ||
| TH01 | 7 | 7 | 6 | 7 | ||
| AMEL | X | X | X | X | ||
| TPOX | 8 | 11 | 9 | 9 | ||
| CSF1PO | 11 | 11 | 8 | 8 | ||
| D21S11 | 30 | 30 | ||||
圖3. 基因過表達/敲除后單克隆細胞株的篩選
圖4. CRISPR/Cas9和慢病毒穩定細胞系
圖5. 轉染TP53TG1 減少了細胞的活力
(Diaz-Lagares A, et al.Epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.)
圖6. HCT-116 cells 穩定轉染TP53TG1 24小時后檢測細胞的凋亡率
(Diaz-Lagares A, et al.Epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.)
圖7. TP53TG1 抑制了HCT-116細胞的克隆形成
(Diaz-Lagares A, et al.Epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.)
圖8. 傷痕愈合實驗檢測 VIM 敲低和過表達對細胞侵襲力的影響
(Peng Zheng,Quantitative Proteomics Analysis Reveals Novel Insights into Mechanisms of Action of Long Non-coding RNA HOTAIR in Hela Cells.MCP. 2015.)
圖9. 與siCONT細胞相比，siPVT1細胞侵襲力明顯降低
(Iden, M.et al.The lncRNA PVT1 Contributes to the Cervical Cancer Phenotype and Associates with Poor Patient rognosis.PloS one.2016.May 27;11(5))
圖10. 用不同濃度的EW-7197 (0.25, 0.5, 1.25 and 2.5 μM) 處理A549-CUG2 and BEAS-CUG2 細胞24 h。免疫印跡檢測 CUG2, E-cadherin, N-cadherin, and vimentin 的表達
(Kaowinn S, Kim J, Lee J, Shin DH, et, al. Cancer upregulated gene 2 induces epithelial-mesenchymal transition of human lung cancer cells via TGF-β signaling. Oncotarget. 2016 Dec 10.)
應用蛋白質組學iTRAQ（SILAC,SWATH）定量方法和生物信息學找到lncRNA/miRNA調控的靶標。
圖11. 蛋白質組學ITRAQ/SWATH 和差異蛋白通路分析
圖12. 目的lncRNA在細胞中的位置分布（18S和U6為內參）
圖13. RNA pull down后質譜鑒定、WB檢測
圖14. AP-1蛋白與RNA的相互作用RIP
圖15. MS2-RIP實驗原理圖（表達Lnc-A的質粒富集miRNA1miRNA2的效率比不表達Lnc-A的MS2組明顯提高。通過對照，說明MS2-A可以與miRNA1和miRNA2相互結合）。
● 生物信息學預測分析
圖16. 利用生物信息學方法預測lncRNA與miRNA的結合位點
● 生物信息學預測分析
圖17. 雙熒光素酶和RIP驗證lncRNA可以與miR-26a結合
（C Cao, Zhang T, Zhang D, et al.The long non-coding RNA, SNHG6-003, functions as a competing endogenous RNA to promote the progression of hepatocellular carcinoma. Oncogene. 2017 Feb 23;36(8):1112-1122. ）
圖18. 肝癌裸鼠成瘤模型，通過活體成像和測量觀察不同處理小鼠腫瘤的生長、轉移情況
（C Cao, Zhang T, Zhang D, et al.The long non-coding RNA, SNHG6-003, functions as a competing endogenous RNA to promote the progression of hepatocellular carcinoma. Oncogene. 2017 Feb 23;36(8):1112-1122. ）
圖19. 腺病毒注射小鼠尾靜脈后，隔一段時間通過肺組織切片觀察某基因對肺的影響
